Der Metabolit ist ein Zwischenprodukt in einem, meist biochemischen, Stoffwechselvorgang.

Stoffwechselwege bestehen aus Serien enzymatischer Umsetzungen, die spezifische Produkte liefern. Diese Zwischenprodukte (jedem Reaktionsschritt kommt ein Substrat und ein Produkt zu) werden als Metaboliten bezeichnet.

Die Gesamtheit der Stoffwechselwege wird als Metabolismus bezeichnet.

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